Добрый день.
Цитата: при распределении размеров вычета между УСН и ЕНВД, когда считаю пропорцию, по ЕНВД я беру фактический доход или базу из декларации?
И так, и иначе можно, в НК РФ порядок распределения не прописан. Поэтому нужно разработать и утвердить свой собственный, закрепив его "Учетной политикой" ИП или "Положением о ведении раздельного учета при совмещении налоговых режимов". И тогда уже постоянно соблюдать именно такой порядок.
Цитата: при распределении долей я учитываю все вычеты общие
Вы находите долю выручки, приходящуюся на каждый налоговый режим. И в соответствии с этими долями, распределяете все общие расходы, которые никаким иным путем распределить нельзя (например, зарплату и страховые взносы бухгалтера, который осуществляет учет абсолютно всех видов деятельности ИП).
Расходы, относящиеся только к одному виду деятельности, относите сразу напрямую туда, куда нужно.
Так же напрямую, однако предварительно разделив, относим расходы, которые относятся к разным видам деятельности, но которые можно распределить и без расчета пропорции (например, транспортные расходы по путевым листам и ТТН, из которых прекрасно видно, что за поездка это была: то ли за товаром ездили, то ли перевозили оборудование с целью оказания услуг).